MSYS ist eine Sammlung von GNU-Dienstprogrammen wie bash, make, gawk und grep, mit denen Anwendungen und Programme erstellt werden können, die von traditionell UNIX-Tools abhängen.Es soll MinGW und die Mängel der cmd-Shell ergänzen.Ein Beispiel wäre das Erstellen einer Bibliothek, die das Autotool-Build-System verwendet.Benutzer führen normalerweise "./configure" und dann "make" aus, um es zu erstellen.Das configure-Shell-Skript erfordert einen Shell-Skript-Interpreter, der auf Windows-Systemen nicht vorhanden ist, aber von MSYS bereitgestellt wird.